Les fonds patrimoniaux sont systématiquement conservés en magasin. Ces documents sont exclus du prêt et consultables sur place uniquement.
Des reproductions numérisées sont possibles.Le fonds corse ancien est riche de ses collections de manuscrits, de livres, cartes, plans et documents iconographiques... Aux 3 000 ouvrages anciens, XVI e XIX e siècles, s’ajoutent les ouvrages contemporains, ; acquis systématiquement. Ce fonds permet de mesurer l’activité éditoriale en Corse dans tous les domaines ; il offre une base documentaire régionale actualisée, pouvant répondre aux demandes des divers utilisateurs. Le fonds des périodiques offre un regard sur la vie économique, sociale et culturelle de la région. Les journaux microfilmés sont une source irremplaçable pour l’historien et le chercheur. Un projet de numérisation est en cours.Le fonds ancien général, avec plus de 50000 volumes, du XVe au XIXe siècle, très divers et encyclopédique, a une coloration italienne. Il compte de nombreux ouvrages de littérature, classique et moderne. Il est aussi, du fait de la personnalité et des fonctions des donateurs, très riche dans le domaine des sciences naturelles, médicales (chirurgie, anatomie…), juridiques. La théologie et les sciences religieuses est un domaine que la bibliothèque de la Franciscorsa vient renforcer.

Les principaux fonds à signaler sont : le fonds Prelà, don reçu en 1845, et le fonds Mattei, reçu en 1881. Gregory, Lucciana, Sisco Renucci font partie également des principaux donateurs.
Le fonds Franciscorsa rassemble les collections des couvents franciscains de Corse.